Rok po zřejmě nejlepším dílu Fifa 98 se EA nesnaží vecpat další možnost zahrání si světový šampionát, nyní máte možnost vyhrát pohár evropský, můžete si vybrat z více než 250 týmů. Ale nemusíte se bát, EA nezapomnělo ani na zbytek světa, na výběr tu je i třeba Jugoslávie či Argentina. Fifa 99 také nabízí další zajímavé herní módy, kupříkladu evropská Dream League nebo možnost vytvořit si pohár vlastní. K tomu si ještě můžete upravovat hrače a týmy, můžete upravovat obličeje hráčů, jména, upravit schopnosti a další. Avšak stále chybí výška a hmotnost hráčů.